通吕运河是通扬线航道的重要组成部分，起自南通市区分水岛，终点为启东三和北闸，总长约60km，流经南通市区、通州区、海门市、启东市四个县（市），是南通地区重要的江海联运通道，也是来自九圩港船闸和南通船闸等通江口门的矿建材、煤炭、钢材等物资运往南通地区的重要干线航道，现状等级为Ⅵ级，规划等级为III级。

通州段按IV级标准疏浚，底宽不小于40m，水下坡比1:6，墙前土疏浚至▽1.80m；海门及启东段只疏浚两侧护岸内侧的墙前土方，疏浚标高▽1.80m。